昏迷期（瘫痪期。本期持续6-18小时。）兴奋期后，痉挛抽搐逐渐停止，患者似乎逐渐趋于安静，少数病人有短暂的一过性理智状态，能配合医护治疗，简单回答问话，或勉强饮水，少许进食，疾病似有好转，此即俗话所说的「回光反照」现象。但反应很快减弱到消失，出现各种迟缓性瘫痪症状，尤以肢体软瘫较多见。眼肌、颜面部及咀嚼肌瘫痪，表现为斜视、眼球运动失调、下颌下坠、嘴不能闭合、面部表情木呆、失音、感觉减退。腹壁、提睾、膝腱等生理反射消失，迅速由安静进入昏迷状态。
呼吸逐渐减弱、变慢、不规则，出现潮式呼吸。脉搏细弱、不规则，甚至摸不到。心音低钝、心率紊乱。两肺呼吸音粗，大量鸣痰音，吼痰。血压逐步下降，皮肤湿冷，出现花纹，指端青灰。瞳孔散大，口鼻腔中流出咖啡色液体，迅速死于呼吸、循环和全身衰竭。本期仅持续6-18小时。
病理：狂犬病病毒进入人体后首先侵染肌细胞或者皮肤细胞，并在其中渡过潜伏期，而后通过肌细胞、皮肤细胞和神经细胞之间的乙醯胆碱受体进入神经细胞，沿神经细胞的轴突缓慢上行，上行到脊髓，进而入脑，并不沿血液扩散。病毒在脑内感染海马区、小脑、脑干乃至整个中枢神经系统，并在灰质大量复制，沿周围神经下行到达唾液腺、角膜、鼻粘膜、肺、皮肤等部位。
狂犬病病毒对宿主主要的损害来自内基小体（Negri bodies），即为其废弃的蛋白质外壳在细胞内聚集形成的嗜酸性颗粒，内基小体广泛分布在患者的中枢神经细胞中，也是本疾病实验室诊断的一个指针。狂犬病病毒在周围神经组织里的平均移动速率是3mm/h，上行到中枢神经组织（脑-脊髓）后可在一天内繁殖扩散到整个中枢神经组织内。因此，伤口离脑-脊髓越远，潜伏期就越长，疫苗就越有可能及时生效从而有效预防狂犬病发作。
预防方法：
1、控制野生动物间的传播
通过投喂含口服狂犬疫苗的诱饵实现控制宠物间的传播为宠物强制性接种狂犬疫苗对易感人群预防性免疫接种为易于接触到狂犬病病毒的人群接种狂犬疫苗被咬伤后预防性处理用消毒剂充分清洗伤口，如双氧水、碘基消毒剂、0.1%新洁尔灭，或3%－5%肥皂水，迫不得已的时候甚至只用清水洗涤也有意义。但是注意不要用嘴吸伤口，因为口腔中的微小破损可能拉近狂犬病毒与脑的距离！较深伤口冲洗时，用注射器伸入伤口深部进行灌注清洗，做到全面彻底，再用75%乙醇消毒，继之用浓碘酊涂擦。局部伤口处理愈早愈好，即使延迟1、２天甚至3、4天也不应忽视局部处理，此时如果伤口已结痂，也应将结痂去掉后按上法处理。清洗伤口之后就应该注射狂犬病疫苗；接种疫苗的同时，还可以在伤口附近浸润注射狂犬病病毒抗血清，但是如果使用抗血清的话，有必要加大疫苗的用量，以避免抗血清降低疫苗的效果。
2、现代医学的预防和治疗发病前的预防
预防狂犬病，也就是使用狂犬病疫苗，力图在狂犬病病毒破坏人的中枢神经之前激发免疫系统产生足够的抗体。狂犬病疫苗于1885年由路易·巴斯德发明，他在一个被患狂犬病的狼咬伤的9岁儿童身上试用成功，这项成果被誉为「科学纪录中最杰出的一项」。狂犬病疫苗的制备方法有利用动物脑组织培养或人体双倍体细胞疫苗(HDCV)，利用动物脑组织生产的疫苗价格便宜，但人体免疫反应较大，可能引发脑炎；而狂犬病病毒抗血清通常是用被感染后痊愈的马或羊的血液制备的。
接种疫苗的最佳时间是在被咬伤后24小时之内（越快越好），因为一般来说，狂犬病疫苗诱发淋巴B细胞产生抗体的速度快过狂犬病毒繁殖和破坏的速度，所以即使病毒已经入侵，于发作前接种仍然有效。为了谨慎起见，一般医师会额外使用抗病毒血清浸润伤口周围或者注射，尽可能的减少体内狂犬病毒的数量，为免疫系统争取足够长的响应时间。如病毒已入侵中枢神经而发病后，即使接受被动免疫也很难挽回生命，因为免疫细胞较少进入中枢神经组织（血脑屏障的阻隔所致）。
发病后的治疗：密尔沃基疗法关于发病后的患者被治愈的报导，许多病例由于没有确凿的证据，通常被认为是「狂犬病癔病」康复。也有病例是注射疫苗后但仍然发病的，随后免疫系统又清除了体内的病毒，但是中枢神经系统已经严重受损，患者进入临床上的「昏迷期」，化验表明体内已无病毒，最终死于神经损伤导致的脏器衰竭。
值得注意的是，美国威斯康辛医学院副教授 于2004年领导一个医疗团队成功治愈了一名15岁女高中生的狂犬病这位名叫 Jeanna Giese 的病人，是世界上有明确记录的首位没有注射疫苗而狂犬病发作，最终却又被治愈的狂犬病患者，并且，她的神经系统没有受到严重的损伤。该实验性治疗方法被命名为「密尔沃基疗法」。密尔沃基疗法的治疗思路被称为「诱导昏迷」：抑制中枢神经系统的活性，延缓病毒在神经细胞间的传播，等待免疫系统自己发挥作用。
因此使用了镇静剂：咪达唑仑（Midazolam）、苯巴比妥（Phenobarbital），病毒传播的抑制剂：苯乙胺（Ketamine）、金刚烷胺（Amantadine），并追加补充了患狂犬病后会缺乏的生物喋呤。但是没有使用疫苗，因为病毒发作时免疫系统可以检测并响应，只是通常尚未清除病毒神经系统就已经损坏殆尽了……另外，虽然使用了病毒唑（Ribavirin），但普遍并不认为此药对治疗狂犬病有明显的作用。将病毒传染给 Jeanna 的是一只蝙蝠，也有学者认为蝙蝠携带的狂犬病毒是一种致病性较弱的突变株，因此她才如此幸运。Willoughby副教授的方法近年来被一些医生尝试用于数例患者的治疗中。
